早在旧石器时代，麻阳远古先民就已在锦江河两岸繁衍生息。两周时期，麻阳属楚黔中地，因向周室输送苞茅以供“缩酒”之用，与中央政权建立联系。从秦灭楚至南朝陈建立的800年里，麻阳地区基本为以今沅陵为中心的郡或县级政权管辖。562年，南陈政权在今吕家坪镇溪口设立麻阳戍，“麻阳”之名沿袭至今。620年，即唐高祖武德三年，唐王朝废戍设县，隶属于辰州，麻阳县正式成为中央王朝的一级政权。此后，以麻阳为中心，实现了对整个辰水中上流域控制，今麻阳境内也一度成为二州四县之地，即富州、锦州、麻阳县、卢阳县、龙门县、招谕县。宋朝时期，治所在今麻阳境内的锦、富二州，曾成为国家边疆治理的典型，经济社会发展达到历史最好水平。1075年，原锦州辖地失去控制，锦州废为锦州砦，并入麻阳县，县治由今旧县村迁往锦和。从明洪武元年至清同治十二年的500年间，麻阳先后属辰州府、沅州府管辖，经济、军事受凤凰厅节制。1912年1月，麻阳宣布独立，成立革命政府，改知县公署为县知事公署，知县改称知事，清朝在麻阳统治结束。1913年，麻阳归北洋政府辰沅道管辖。1916年，护国黔军与北洋军在麻阳激战月余，北洋军战败退出麻阳，麻阳脱离北洋政府。1922年后，废道设省，麻阳县直属于湖南省，实际受地方势力控制。1930年，国民党政权在麻阳确立统治地位。此后，麻阳先后隶属国民党芷麻黔晃行政督察处、第三行政督察专员公署、第四行政督察专员公署、第九行政督察区，社会相对稳定，经济有所发展。1949年10月，中国人民解放军第二野战军第三兵团路过麻阳，国民党政权瓦解，麻阳实现解放。1950年3月，麻阳县人民政府挂牌成立，隶属于湘西行政公署沅陵专署（专区）。1952年，改属芷江专署（专区）；12月，芷江专署改称黔阳专署，麻阳隶属黔阳专署（专区）。1981年6月，麻阳改属怀化行政公署（地区）。1988年10月31日，经国务院批准，撤麻阳县，设麻阳苗族自治县，行政区划与隶属关系不变。1997年11月，怀化撤区建市，麻阳遂隶属怀化市至今。